Prion Genes Stripped of Retrotransposons and Pseudogenes
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Introduction to archive of masked prion sequences
Masked human prion: 13,885 bp removed, 21,637 bp left
Masked mouse prion: 11,692 bp removed, 26,726 bp left
Masked rat prion: 917 bp removed, 7577 bp left
Masked sheep prion: bp removed, bp left
Masked cattle prion: bp removed, bp left
Masked prion promoter sequences



Prion Genes Stripped of Retrotransposons and Pseudogenes

14 Mar 99 webmaster
The fasta format sequences below provide an archive of prion gene sequences from which all known insertional elements have been removed. This facilitates comparisons among lineages and by Blast searches (which have no built in masking capability).

Human prion stripped of all retrotransposons [still has pseudogenes]

>masked human prion U29185: 13,885 pb removed,  21,637 bp left
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Masked mouse prion [still has pseudogenes]

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Masked rat prion [still has pseudogenes]

>masked rat D50092 and D50093 (intron 2 is incomplete)
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taacaccaggccagtaagaatataacaccaaataactgctggctagtcagggctttgttttggtctactgagtaaatactgtgtaacccc
tgaattgtacccagaggacatggtgacagagacacacataacttagtataggcaaagggttctatagccaaagaagccactgtgtgggca
tggcaccctggataacagcctcccgcctgggatatctagagcatccacatgtggaattctttcttttctaacataaaccatagctgattg
aaggcaacaagaaaaagaatcaaattatcctactgacattgaaagcaaactgtgttcattccctaggcgctggaatgatttttagccttg
gattaaaccaggagattttgactctgaggagaaccagcagtacaaaagcatggtctcctgtgatgggagagatggtgaagggacaaaggc
aagacccctgcgtttcttcatttctgtctcataattatcaagagctagaattaggtcgtgccctaagtttctgtactcgtatttgaactg
gacaacaaagagacaatctacaaattctcttgggctgcagaggagagaaataggctccattccaaagtggaaagagaaattctgctagca
ttgtctaagtaaggctaacttttccttaaatcgctttgtatttcccccagcagacatcacaaccctgtgatcggttcagcctgcaccgcg
ggtgttctgtgtagaatatataaatataacttcaagcttaggccttctattttaaaacatctgaagtgtggaacgcactggccgttctgt
gcagtactaagtgtgacccttgggctttcaatgtgcactcggttccgtatgattccaaagtagagccctagctggtcttcgaatctgcat
gtacttcacgttttctatatttgtaacttcgcatgtatttgttttgtcatataaaaagtttataaatgtttgctatctgactgacattaa
atagaagctatgatgagcacgtgtgggggtttttctccttcaatgctcctggccctgtgtttgtcacgagggtggcttgggctcatctga
gcctgggagtggctcatttcacaccctgtccctgatgggcctctgataaggagtcttctcatttccactgactttgcattttcccttaag
ttgtactgagtcctgcagaaacacagtagtactccctggggagggagggaagactggggagtagggctcccccactccagaagaggtttt
tctgttttttgtttttttcactgtgaatcagtggttttgcctacatatatgactgttcaaaaagggagtttgtttattctgaattcagat
tca


 


 

Masked prion promoter sequences

24 Mar 99 webmaster
These sequences begin downstream of rat cytochrome c insertion site and 
end with exon 1 for alignment of the promoter region.
All retrotransposons and pseudogenes are removed.
Sequences used:
 D50092 rat      2380-2831
 U29186 mouse1 8193-8573
 U52821 mouse2  757-1138
 Y17510 mouse3    4-310
 X79932 mouse4   10-273
 M14055 hamster      1-411
D50092  rat 2380-2831
g aaaggaaaga agggaatcaa   
     2401 ccgagaatga taaaccaaca ttcaatggcc aatatacttt ctaagcctct aattctttta
     2461 tagtttatgg ggaaatgtca aaaatcttcc tctttaccaa tttcttgtta ccaaagttcc  
     2521 acgatggctt tttctttccg ttaggtaacc tttcattttc tcgactaccc attatgtaac 
     2581 gggagcgctg ggttctggat cagtcttcca ttaaagatga cttttatagt ctgtgagcgt   
     2641 cgtcacagag tgctgacact ggggtgggga ggggagtacg gggggagggg gttaaacaga
     2701 taacaagcat ttaagccagt acggagcggt gactcatccc accgcgagaa gccattggtg   
     2761 agcatcacgc tccgcccctc gccccgccca gcccccggcc tgtcgggtcc ctcaccacgc
     2821 cccgctcccc c

U29186 mouse1  8193-8573 exon 1 8612..8658 IY Lee
8161 gaaaagaagg aatcagcaga gaataaataa gtcaacatgc aatggccaat atactttcta
     8221 ggcctctaat tcttttatag tttgtgggaa aatgtcgaaa atcttcgtta ccaatttctt
     8281 gttaccaaag ttcaacgatg gcttcctcgc tccgttaggt aacctttcat tttctcaact
     8341 acccattatg taacgggagc attgggtact ggatcagtct tccattaaag atgattttta
     8401 tagttgctga gcgtcgtcag ggagtgctga cactgggggc ggtttaaaca gatacaagca
     8461 tttaagccag tccggagcgg tgactcattc ccccaccccc cacccccccg cgagagacgc
     8521 ggcgcggcca ttggtgagca tcacgccccg cccctcgccc agcctagctc ccgcctgccc
     8581 cgcccctttc cactcccggc tcccccgcgt tgtcggatca gcagaccgat tctgggcgct
     8641 gcgtcgcatc ggtggcaggt aagcgggctg ctgaagccag gccttggcga gcactcagcc
     8701 ttccgtcgtc aagctcggct cactgcgcct ctcggggcct tgaggccacg gggactagga

U52821 mouse2 757-1138  exon 1 1151..1223  Baybutt
     661 gggattgtct ccaaagataa agaaaaaagg gaaggagaga aaagaaaaag aaaggaaaga
      721 aggggaaaag aaggaatcag cagagaataa ataagtcaac atgcaatggc caacatactt
      781 tctaggcctc taattctttt atagtttgtg ggaaaatgtc gaaaatcttc gttaccaatt
      841 tcttgttacc aaagttcaac gatggcttcc tcgctccgtt aggtaacctt tcattttctc
      901 aactacccat tatgtaacgg gagcattggg tactggatca gtcttccatt aaagatgatt
      961 tttatagttg ctgagcgtcg tcagggagtg ctgacactgg gggcggttta aacagataca
     1021 agcatttaag ccagtccgga gcggtgactc atcccccccc acccccaccc ccccgcgaga
     1081 gacgcggcgc ggccattggt gagcatcacg ccccgcccct cgccccgcct agctcccgcc
     1141 tgccccgccc ctttccactc ccggctcccc cgcgttgtcg gatcagcaga ccgattctgg
     1201 gcgctgcgtc cgatcggtgg caggtaagcg ggctgctgaa gccaggcctt ggcgagcact

Y17510 mouse3 4-310  exon 1SC 1..396; exon 1D 39..396; 1C 329..396; CDS 128..184; CDS 34..54
        1 tcgttaccaa tttcttgtta ccaaagttca acgatggctt cctcgctccg ttaggttaac
       61 ctttcatttt ctcaactacc cattatgtaa cgggagcatt gggtactgga tcagtcttcc
      121 attaaagatg atttttatag ttgctgagcg tcgtcaggga gtgctgacac tgggggcggt
      181 ttaaacagat acaagcattt aagccagtcc ggagcgggac tcatcccccc ccacccccac
      241 ccccccgcga gagacgcggc gcggccattg gtgagcatca cgccccgccc ctcgccccgc
      301 ctagctcccg cctgccccgc ccctttccac tcccggctcc cccgcgttgt cggatcagca
      361 gaccgattct gggcgctgcg tcgcatcggt ggcagg

X79932 mouse4 10-273  exon 1 <328..358; 80..186 AP-1; 248..253 Sp1; intron 1 359..>420 
        1 cttcctcgct ccgttaggta acctttcatt ttctcaacta cccattatgt aacgggagca
       61 ttgggtactg gatcagtctt ccattaaaga tgatttttat agttgctgag cgtcgtcagg
      121 gagtgctgac actgggggcg gtttaaacag atacaagcat ttaagccagt ccggagcggt
      181 gactcattcc ccccaccccc cacccccccg cgagagacgc ggcgcggcca ttggtgagca
      241 tcacgccccg cccctcgccc agcctagctc ccgcctgccc cgcccctttc cactcccggc
      301 tcccccgcgt tgtcggatca gcagaccgat tctgggcgct gcgtcgcatc ggtggcaggt

M14055 hamster 4-184 strong intron 1-411; transcript starts 333..>810, 342, 349, 351
        1 tcgaaaatct ccctctttag caatttcttg ctcctagagt ttcagcaatt gctttctcgc
       61 tccattaggc aacctttcat tttctcacct tccccattat gtaacgggag caatgggttc
      121 tggaccagtc ttccattaaa gatgattttt atagtcggtg agcgccgtca gggagtgatg
      181 acacctgggg gcggtttaaa ccgtacaatc ccttaaacca gtctggagcg gtgactcatt
      241 tccccaggga gaagtggcgc ggccattggt gagcacgacg caagccccgc cccacccagc
      301 ccggccccgc cctgctaccc ctcctgactc actgccccgc ccgctccccc gcggcgtccg
      361 agcagcagac cgagaaggca catcgagtcc actcgtcgcg tcggtggcag gtaagcggct


 


 




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