Introduction to archive of masked prion sequences
Masked human prion: 13,885 bp removed, 21,637 bp left
Masked mouse prion: 11,692 bp removed, 26,726 bp left
Masked rat prion: 917 bp removed, 7577 bp left
Masked sheep prion: bp removed, bp left
Masked cattle prion: bp removed, bp left
Masked prion promoter sequences
14 Mar 99 webmasterThe fasta format sequences below provide an archive of prion gene sequences from which all known insertional elements have been removed. This facilitates comparisons among lineages and by Blast searches (which have no built in masking capability).
>masked human prion U29185: 13,885 pb removed, 21,637 bp left gattccagctaaaaaggtttttcaggatcaaagtatacagacaacttaaaaaaaaacaagagtaaaagttatttgaccaacatctggaac atgcagctgtgaacactatagttaaaactgacattttgatctgaggattccttttatttaatcagttctgaaactatagttttctacatt tatatatttgttctattgtgaattttaggatttattttgatgatgtactttttctttgtgaagtttagaaatgaccatgggggtcatgtg ggccaaattaactcaattcctggacaaaaactatttccccgaccaccccaagcttcttgccaatgtgcgcccttgggacaagaaaggcta ggagaagctgtggacaaattaagataaacctggcaatatcattagacaaataacccaaagtgaatccctcttctgatggtcaacatcaga tggtcacacagaaatgttattttcctatgagtaattttgcattattgttacatatgatttccacttacaaatgccacaaatattatgcaa gtacctctctactgggaaggaatataacaattctaacaaataaacataaaagcagtgtgtacataagaatgcctctatacaattttttga gcatcaaaatcttagaaagttgaaaaataccaatgaaatatagcattcttattctttctcatttcttttatctgttctttagagaaaaaa agatggagcagaaagcaagaaaattgtccaacagaattattgcaactgacttagtttcttataaacaaagaatgcattgaaagagaaaac cttgcgtcagcaaagtatattacacaataagaaagaagaatttcaaagataatagagataatttctcacagatgtctgaccagaaagaaa 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>masked rat D50092 and D50093 (intron 2 is incomplete) aagcttttaaagccacttcctggtgggaagagagcagtcagccagtaggtatttgattcttagaggaaaaagctgatatcttttaaccaa gcctttcagagtccccctgtgggagaggccagatggaggtgaggggaaggctggtcccttccctaagtgaatctacccactcctctcctg cgtcccctgccatctctgacagcaagtggagggcctctgagaaattcaaagatgcggtcaccctgatcacaatgagtactctctgaggca ggaaggcaaggatctgaaagacggtcagtgtattccttaagaacacagagtaaatgttaagcagcaccagcaccactcattctaacaggc tgaaatctgggtcatctcagccaaaggctctgctccagccctctcatgcatgtcctcttcccaaacagctgtcaagagcgtacccttatt ttatcataactataatcctctggctccatgactacttcataacaactttaatcctcctggctccaatactctcttaccaccctctcctcc tggatcctaatactggacacaaatatttaatccaaatccaattttgtgtttgtcaataatcttcagtgtctccctctcctcacagggaca ggagattacatttccttgtggtttatgaccccttctgtcccagtactggtagcaatttatatacatggcatgggaataggaaccaaccca gcgccctgattcctaacccccttctctttcaaacaaggtctcattatgttgcctgggtcagccttgaacttgagtctcctgcctcgactt ctctgattgcaggttttcacctgtccaagtcagcaggcatcttgaacaagagcatcatttcccttaagctgcttcaggcggtgttcatgg 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tgtatccctgggaaaaacagagtcaaagtacaggttaggagaccgggactcctctggacccatgctgtcctctgaaaagcccagaagagc tataatgaaagagctcagaagatgtctgatcttggctttctttatgtttgttgctgtattgtttccactaacaaacaactaaaaaaaaaa aaaaagttcacaggcttctttccttaaaatactggggattgaacccagggatagttttttagtgtctaaattaacatgaccatgccctgt ttgcctttttggagtatgtttgaatctgcccttatttccattctcaaatactgctccattttatatgactatttagttttggcttgataa tttgcatatgagattagatcatctttcagttctcagacttatttatcaattctagtttttctttttgttgttttaaaggactcctgaata tatttcaaaactgaaccatttcaacccaactgaagtattctgccttcttagcggtaccagtccggtttaggagagccaagccgactgtaa gtgccctgtgaatcatgatggtctgtgggtcggggattgaaaatcaccaactgtctggggaaatgggggccagaaaactaaggaacaggc ctgctccagactccacctggtaatgtgggacctgctcctcactgtaccctgctgtcatttaaagtcagcttgattctatgggacaagggt cactgctttctcga agtcctcgctccagggcttactgagtcagctatcttcaagtctttgctcctgatgcagccactcaggagtcttcctgactagaccctgac tcaggcccttgtggtgtggtgtggtgtggtgtggtgtggtgtggtgtggtgtggtgtggtgtgttactcaggacgggtgtgttcacagat ccacacagctgccccgcaggtgactttttgaattctggtgagtgaggtctacatctgtggataaaggttctcctccatgtatggctcagg ccccacaggaccctggctccattagagcagccttctgagtatggctcaagaccccacaagaccatgtccagttccaaatgccaccgcatt gtcgaagctcaaagccatggcattaactccaatgtggtatttcccagaccagatgtagtttaccaattggggtaattcttgttttcaggg aacagagtgaaacattgtcaaatctgtcctaagaggatgggaatgagctgtgtacgtctgacttacttttctcctaaaggagaagccaca ggggtctgacttcacacatttgttctgaagatgtctaggagcttcagcctgagtgccggacactgatgccttgttcttcatttcacagat cagccatcatggcgaaccttggctactggctgctggccctctttgtgactacatgtactgatgttggcctctgcaaaaagcggccaaagc ctggagggtggaacactggtggaagccggtaccctgggcagggaagccctggaggcaaccgttacccacctcagagtggtggtacctggg ggcagccccatggtggtggctggggacaacctcatggtggtggctggggacaacctcatggtggtggctggggtcagccccatggcgggg gctggagtcaaggagggggtacccataatcagtggaacaagcccagcaagccaaaaaccaacctcaagcatgtggcaggggctgccgcag ctggggcagtagtggggggccttggtggctacatgttggggagtgccatgagcaggcccatgctccattttggcaacgactgggaggacc gctactaccgagaaaacatgtaccgttaccctaaccaagtgtactacaggccggtggatcagtacagcaaccagaacaacttcgtgcacg actgtgtcaatatcaccatcaagcagcatacagtcaccaccaccaccaagggggagaacttcacggagaccgacgtgaagatgatggagc gtgtggtggagcagatgtgcgtcacccagtatcagaaggagtcccaggcctattacgacgggagaagatctagcgccgtgcttttctcct cccctcctgtgatcctcctcatctccttcctcatcttcctgatcgtgggatgaggaggccttcctgcttgttccttctcattctcgtggt ctaggctgggggaggggttacccacctgtagctctttcaattgaggtggtgtctcattcttgcttctctttgtcccccataggctaatac ccttggcagtgatgggtctggggaaatgtacagtagaccagatgctattcgcttcagcgtcctttgattgagtccatcatgggccagggt taacaccaggccagtaagaatataacaccaaataactgctggctagtcagggctttgttttggtctactgagtaaatactgtgtaacccc tgaattgtacccagaggacatggtgacagagacacacataacttagtataggcaaagggttctatagccaaagaagccactgtgtgggca tggcaccctggataacagcctcccgcctgggatatctagagcatccacatgtggaattctttcttttctaacataaaccatagctgattg aaggcaacaagaaaaagaatcaaattatcctactgacattgaaagcaaactgtgttcattccctaggcgctggaatgatttttagccttg gattaaaccaggagattttgactctgaggagaaccagcagtacaaaagcatggtctcctgtgatgggagagatggtgaagggacaaaggc aagacccctgcgtttcttcatttctgtctcataattatcaagagctagaattaggtcgtgccctaagtttctgtactcgtatttgaactg gacaacaaagagacaatctacaaattctcttgggctgcagaggagagaaataggctccattccaaagtggaaagagaaattctgctagca ttgtctaagtaaggctaacttttccttaaatcgctttgtatttcccccagcagacatcacaaccctgtgatcggttcagcctgcaccgcg ggtgttctgtgtagaatatataaatataacttcaagcttaggccttctattttaaaacatctgaagtgtggaacgcactggccgttctgt gcagtactaagtgtgacccttgggctttcaatgtgcactcggttccgtatgattccaaagtagagccctagctggtcttcgaatctgcat gtacttcacgttttctatatttgtaacttcgcatgtatttgttttgtcatataaaaagtttataaatgtttgctatctgactgacattaa atagaagctatgatgagcacgtgtgggggtttttctccttcaatgctcctggccctgtgtttgtcacgagggtggcttgggctcatctga gcctgggagtggctcatttcacaccctgtccctgatgggcctctgataaggagtcttctcatttccactgactttgcattttcccttaag ttgtactgagtcctgcagaaacacagtagtactccctggggagggagggaagactggggagtagggctcccccactccagaagaggtttt tctgttttttgtttttttcactgtgaatcagtggttttgcctacatatatgactgttcaaaaagggagtttgtttattctgaattcagat tca
24 Mar 99 webmaster These sequences begin downstream of rat cytochrome c insertion site and end with exon 1 for alignment of the promoter region. All retrotransposons and pseudogenes are removed.
Sequences used: D50092 rat 2380-2831 U29186 mouse1 8193-8573 U52821 mouse2 757-1138 Y17510 mouse3 4-310 X79932 mouse4 10-273 M14055 hamster 1-411
D50092 rat 2380-2831
g aaaggaaaga agggaatcaa
2401 ccgagaatga taaaccaaca ttcaatggcc aatatacttt ctaagcctct aattctttta
2461 tagtttatgg ggaaatgtca aaaatcttcc tctttaccaa tttcttgtta ccaaagttcc
2521 acgatggctt tttctttccg ttaggtaacc tttcattttc tcgactaccc attatgtaac
2581 gggagcgctg ggttctggat cagtcttcca ttaaagatga cttttatagt ctgtgagcgt
2641 cgtcacagag tgctgacact ggggtgggga ggggagtacg gggggagggg gttaaacaga
2701 taacaagcat ttaagccagt acggagcggt gactcatccc accgcgagaa gccattggtg
2761 agcatcacgc tccgcccctc gccccgccca gcccccggcc tgtcgggtcc ctcaccacgc
2821 cccgctcccc c
U29186 mouse1 8193-8573 exon 1 8612..8658 IY Lee
8161 gaaaagaagg aatcagcaga gaataaataa gtcaacatgc aatggccaat atactttcta
8221 ggcctctaat tcttttatag tttgtgggaa aatgtcgaaa atcttcgtta ccaatttctt
8281 gttaccaaag ttcaacgatg gcttcctcgc tccgttaggt aacctttcat tttctcaact
8341 acccattatg taacgggagc attgggtact ggatcagtct tccattaaag atgattttta
8401 tagttgctga gcgtcgtcag ggagtgctga cactgggggc ggtttaaaca gatacaagca
8461 tttaagccag tccggagcgg tgactcattc ccccaccccc cacccccccg cgagagacgc
8521 ggcgcggcca ttggtgagca tcacgccccg cccctcgccc agcctagctc ccgcctgccc
8581 cgcccctttc cactcccggc tcccccgcgt tgtcggatca gcagaccgat tctgggcgct
8641 gcgtcgcatc ggtggcaggt aagcgggctg ctgaagccag gccttggcga gcactcagcc
8701 ttccgtcgtc aagctcggct cactgcgcct ctcggggcct tgaggccacg gggactagga
U52821 mouse2 757-1138 exon 1 1151..1223 Baybutt
661 gggattgtct ccaaagataa agaaaaaagg gaaggagaga aaagaaaaag aaaggaaaga
721 aggggaaaag aaggaatcag cagagaataa ataagtcaac atgcaatggc caacatactt
781 tctaggcctc taattctttt atagtttgtg ggaaaatgtc gaaaatcttc gttaccaatt
841 tcttgttacc aaagttcaac gatggcttcc tcgctccgtt aggtaacctt tcattttctc
901 aactacccat tatgtaacgg gagcattggg tactggatca gtcttccatt aaagatgatt
961 tttatagttg ctgagcgtcg tcagggagtg ctgacactgg gggcggttta aacagataca
1021 agcatttaag ccagtccgga gcggtgactc atcccccccc acccccaccc ccccgcgaga
1081 gacgcggcgc ggccattggt gagcatcacg ccccgcccct cgccccgcct agctcccgcc
1141 tgccccgccc ctttccactc ccggctcccc cgcgttgtcg gatcagcaga ccgattctgg
1201 gcgctgcgtc cgatcggtgg caggtaagcg ggctgctgaa gccaggcctt ggcgagcact
Y17510 mouse3 4-310 exon 1SC 1..396; exon 1D 39..396; 1C 329..396; CDS 128..184; CDS 34..54
1 tcgttaccaa tttcttgtta ccaaagttca acgatggctt cctcgctccg ttaggttaac
61 ctttcatttt ctcaactacc cattatgtaa cgggagcatt gggtactgga tcagtcttcc
121 attaaagatg atttttatag ttgctgagcg tcgtcaggga gtgctgacac tgggggcggt
181 ttaaacagat acaagcattt aagccagtcc ggagcgggac tcatcccccc ccacccccac
241 ccccccgcga gagacgcggc gcggccattg gtgagcatca cgccccgccc ctcgccccgc
301 ctagctcccg cctgccccgc ccctttccac tcccggctcc cccgcgttgt cggatcagca
361 gaccgattct gggcgctgcg tcgcatcggt ggcagg
X79932 mouse4 10-273 exon 1 <328..358; 80..186 AP-1; 248..253 Sp1; intron 1 359..>420
1 cttcctcgct ccgttaggta acctttcatt ttctcaacta cccattatgt aacgggagca
61 ttgggtactg gatcagtctt ccattaaaga tgatttttat agttgctgag cgtcgtcagg
121 gagtgctgac actgggggcg gtttaaacag atacaagcat ttaagccagt ccggagcggt
181 gactcattcc ccccaccccc cacccccccg cgagagacgc ggcgcggcca ttggtgagca
241 tcacgccccg cccctcgccc agcctagctc ccgcctgccc cgcccctttc cactcccggc
301 tcccccgcgt tgtcggatca gcagaccgat tctgggcgct gcgtcgcatc ggtggcaggt
M14055 hamster 4-184 strong intron 1-411; transcript starts 333..>810, 342, 349, 351
1 tcgaaaatct ccctctttag caatttcttg ctcctagagt ttcagcaatt gctttctcgc
61 tccattaggc aacctttcat tttctcacct tccccattat gtaacgggag caatgggttc
121 tggaccagtc ttccattaaa gatgattttt atagtcggtg agcgccgtca gggagtgatg
181 acacctgggg gcggtttaaa ccgtacaatc ccttaaacca gtctggagcg gtgactcatt
241 tccccaggga gaagtggcgc ggccattggt gagcacgacg caagccccgc cccacccagc
301 ccggccccgc cctgctaccc ctcctgactc actgccccgc ccgctccccc gcggcgtccg
361 agcagcagac cgagaaggca catcgagtcc actcgtcgcg tcggtggcag gtaagcggct